В научном секторе региона функционирует около 40 научно-исследовательских организаций (более 2 тыс. занятых), в числе которых 2 филиала Сибирского отделения Российской академии науки, 4 филиала Сибирского отделения Россельхозакадемии, 7 исследовательских подразделений высшей школы, проектно-изыскательские и проектно-конструкторские организации. По числу научных и исследовательских организаций и количеству исследователей край входит в первую пятерку регионов Сибирского федерального округа.
Наблюдается ежегодный рост объёмов выполненных научно-технических работ и затрат на исследования и разработки. За последние 5 лет объём научных исследований и разработок, выполненных предприятиями всех форм собственности, увеличился в крае более чем в 2 раза, составив по итогам 2008 года 1,2 млрд. рублей. Почти в 2,5 раза возросли объёмы затрат на исследования и разработки (898,9 млн. рублей по итогам 2008 года).
Научно-исследовательские работы региона носят преимущественно прикладной характер. В 2008 году удельный вес внутренних текущих затрат на прикладные исследования и разработки в общем объёме затрат составил 64,3%, на фундаментальные исследования – 35,7%. Основная часть исследований осуществляется в сфере технических и сельскохозяйственных наук.
Образовательный комплекс региона формируют 11 самостоятельных высших учебных заведений и 24 филиала, в которых обучается более 90 тыс. человек. В крае работают свыше 5 тыс. учёных и преподавателей высшей школы. Удельный вес преподавателей, имеющих учёную степень, в общей численности профессорско-преподавательского состава – более 75%.
В формировании среды, способствующей развитию в регионе инновационной экономики, важная роль принадлежит наукограду Российской Федерации - городу Бийску, получившему статус в конце 2005 года.
В городе реализуется вся инновационная цепочка – от исследований и разработок до выпуска наукоёмкой продукции. На долю научных предприятий города приходится более 40% занятых исследованиями и разработками и более 35% исследователей края. Лидирует наукоград и по объёму выполненных научных работ и затратам на научные исследования и разработки.
Наличие статуса обеспечивает городу возможность привлечения федеральных ресурсов для поддержки инфраструктуры социальной сферы и дорожного хозяйства. Из бюджета страны Бийск получил более 1 млрд. рублей. Из краевого бюджета ежегодно выделяется 10 млн. рублей, которые, в отличие от федеральных вливаний, направляются непосредственно на поддержку инновационной сферы.
Потенциал высокотехнологичных предприятий города, интеграция образования, науки и производства в единый комплекс позволяет позиционировать Бийск в качестве регионального центра сфер «новой экономики» – биофармацевтики и наноиндустрии.
Логическим продолжением инновационной модели развития наукограда является проект создания на его территории биофармацевтического кластера, конкурентные преимущества которого основаны на использовании уникальных природных ресурсов Алтая. Участники проекта, а это более 20 известных в фармацевтической отрасли компаний, имеют около 100 патентов, выпускают почти 600 видов биологически активных добавок, лекарственных средств и их субстанций, а также расширения производства качественных недорогих препаратов-дженериков и биологически активных добавок в рамках замкнутой производственной цепочки
За последнее время наукограду удалось закрепить свои позиции в сфере нанотехнологий. В 2008 году Межрегиональный центр нанотехнологий, созданный в Бийске, вошел в Национальную ассоциацию наноиндустрии. В результате появилась возможность поддержки проектов в сфере энергетики, в области живых систем и др. Значимым результатом стала победа центра в конкурсе ФЦП «Развитие инфраструктуры наноиндустрии в Российской Федерации на 2008–2010 годы».
Вопросами разработки и коммерциализации инновационных проектов в сфере нанотехнологий занимается Ассоциация «Межрегиональный центр наноиндустрии», объединившая 12 предприятий, расположенных на территории Бийска, Томска и Новосибирска, а также ведущие вузы Алтайского края и Институт проблем химико-энергетических технологий СО РАН.
Одним из перспективных направлений деятельности Ассоциации является медицинское применение детонационных наноалмазов, а именно: использование наноалмазов в качестве высокоспецифичного сорбента для разделения белковых смесей и создание лекарственных препаратов, привитых на поверхности наночастиц.