Перевод экономики на инновационный путь развития возможен при условии развития региональной инновационной системы, в которую входят НИИ, университеты, предприятия, финансовые институты, исследовательские центры, органы власти.
Республика Марий Эл в настоящее время располагает значительным кадровым научным потенциалом, развитой научной инфраструктурой. Научную и научно-исследовательскую деятельность осуществляют:
Марийский научно-исследовательский институт сельского хозяйства Российской академии сельскохозяйственных наук;
Государственное гуманитарное научное учреждение при Правительстве Республики Марий Эл «Марийский научно-исследовательский институт языка, литературы и истории им. В.М. Васильева»;
ОАО «Волжский научно-исследовательский институт целлюлозно-бумажной промышленности»;
ГОУ ВПО «Марийский государственный технический университет»;
ГОУ ВПО «Марийский государственный университет»;
Республиканский бизнес-инкубатор;
инновационный центр механико-машиностроительного факультета ГОУ ВПО «Марийский государственный технический университет».
Отраслевыми научно-исследовательскими институтами и центрами, расположенными на территории Республики Марий Эл, осуществляются научные разработки и производство продукции специального назначения для российской экономики. Значительный объём научных исследований в республике осуществляют Марийский государственный технический университет (МарГТУ) и Марийский государственный университет (МарГУ).
Созданы, аккредитованы и функционируют 25 испытательных лабораторий и центров по испытаниям различных видов продукции в общероссийской системе сертификации государственных стандартов России. Функционирует орган по сертификации систем качества на базе ООО «Марийский центр сертификации и энергосбережения».
Предприятия малого и среднего бизнеса активно осуществляют научные разработки, внедряют технологические инновации, а также выпускают инновационно ориентированную продукцию. На базе вузов республики созданы инновационные центры, призванные коммерциализировать научные разработки и способствовать внедрению научных разработок в производство.
Промышленный комплекс Марий Эл определяет состояние производственного потенциала республики, обеспечивает устойчивое функционирование главных отраслей экономики, а также наполнение потребительского рынка.
В 2008 году в регионе научные исследования и разработки осуществляли 13 организаций, наиболее крупные из них:
ЗАО СКБ «Хроматэк» – производство газовых хроматографов и аппаратно-программных комплексов на их базе;
ООО «НПФ «Геникс» – научные разработки по улучшению качества дезинфицирующих моющих средств;
ОАО «Копир» – соединители для работы в цепях постоянного и переменного тока;
ООО «Объединение «Родина» – производство электротехнической продукции, медицинского оборудования;
ОАО «ЗПП» – керамические изделия для микроэлектроники – платы, корпуса с покрытием никель-золото;