В последние годы, наряду с традиционными базовыми кафедрами, МФТИ стал выстраивать отношения с предприятиями новой экономической формации. Эти организации, как правило, тесно связанные с традиционными базовыми предприятиями, образуют своеобразный инновационный пояс МФТИ, который в условиях НИУ МФТИ должен получить новый импульс развития.
Кроме того, при ряде традиционных базовых кафедр созданы специализации для подготовки кадров для таких высокотехнологических компаний, как Государственная корпорация «Российская корпорация нанотехнологий», ОАО «НК «Роснефть», ЗАО НПО «ЛИТ», ЗАО НПЦ «Лептон», ОАО корпорация «Галактика», ЗАО «Фм-Лоджистик», ЗАО «Форексис» и другие.
Важнейшим фактором функционирования образовательной технологии МФТИ является признание ведущими зарубежными высокотехнологическими компаниями уровня и качества подготовки выпускников МФТИ, соответствующего требованиям ведущих мировых образовательных центров, таких как Массачусетский технологический институт (МИТ), Калифорнийский и Стэнфордский университеты (США), Высшая политехническая школа (Франция).
Для проведения совместных исследований и подготовки на этой основе высококвалифицированных специалистов МФТИ заключил соглашения о долговременном стратегическом партнерстве с компаниями Schlumberger, Honeywell International, NetCracker, Intel, Microsoft, Научно-исследовательским центром Юлих в Германии и другими.
Компания Schlumberger установила единый исключительный стандарт для карьерного продвижения студентов и аспирантов МИТ и МФТИ.
В 2008 году налажены взаимовыгодные отношения о стратегическом партнерстве в научно-образовательной сфере с крупнейшими международными научными центрами: подписаны соглашения с Научно-исследовательским центром Юлих (Германия) и Политехническим институтом передовых наук – IPSA (Франция).
